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高通量測序（NGS）質控：全自動毛細管電泳儀在NGS流程中作為質控儀器，用于對提取的核酸、片段化核酸以及上機前的文庫等進行質量控制。

臨床醫學：在臨床醫學中，全自動毛細管電泳儀被廣泛應用于血紅蛋白分析、血清蛋白電泳、免疫分型、糖化血紅蛋白檢測等項目，為疾病的篩查和診斷提供重要依據。

蛋白質和肽的研究：該技術用于蛋白質純度和鑒定，通過檢測蛋白質的遷移速度和距離來確定其純度和相對分子質量。

環境分析：毛細管電泳在環境分析中的應用包括污染物的檢測和分析，具有操作簡單、分析時間短、分辨率高等優點。

食品安全：在食品安全領域，全自動毛細管電泳儀用于檢測食品中的有害物質和添加劑，確保食品安全。

藥物研發及質量控制：在藥物研發過程中，該技術用于藥物成分的分離和分析，同時在藥品的質量控制中也發揮重要作用。

基因組學研究：全自動毛細管電泳儀在基因組文庫制備、PCR產物分析、DNA片段及序列分析等方面有廣泛應用。

微生物分離與檢測：該技術可用于分離和檢測細菌、病毒、真菌等微生物，不需要額外的純菌種培養，直接分析樣品即可。

代謝組學與臨床研究：在代謝組學和臨床醫學研究中，全自動毛細管電泳儀用于復雜藥物分析、代謝物分析及疾病機理研究。

農業育種：在農業育種中，該技術用于反向遺傳學輻射或化學誘變突變體篩查等多種用途。