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評估角膜健康： 角膜內皮細胞顯微鏡可用于評估角膜的健康狀況，包括觀察細胞密度、形態和排列情況，從而幫助醫生判斷角膜是否受損或發生疾病。

角膜手術前評估： 在進行角膜手術（如屈光手術、角膜移植等）前，角膜內皮細胞顯微鏡可用于評估患者的角膜內皮細胞情況，以確定手術的適宜性和風險。

監測角膜疾病進展： 對于一些慢性角膜疾病，如角膜內皮細胞失代償性損傷、角膜水腫等，角膜內皮細胞顯微鏡可用于監測病情的進展和治療效果。

評估角膜移植術后情況： 在角膜移植手術后，角膜內皮細胞顯微鏡可用于評估移植角膜內皮細胞的恢復情況，以及監測移植術后的并發癥，如排斥反應等。

診斷眼部疾病： 角膜內皮細胞顯微鏡還可用于輔助診斷一些眼部疾病，如角膜內皮細胞病變、角膜炎癥等，為醫生提供診斷依據。