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樣本處理系統：用于接受待測樣本，可能包括自動進樣器或者手動操作的樣本加入口。這一部分通常還包括混勻器或攪拌器，以確保樣本均勻混合。

試劑盒艙：用于存放不同類型的試劑盒，每種試劑盒對應特定的分析項目。這些試劑盒內含有必要的試劑和標記物。

光源和檢測系統：包括激發光源和檢測器。激發光源通常是特定波長的光源，用于激發樣本中的熒光標記物。檢測器則用于測量樣本中產生的熒光信號。

控制系統：用于控制儀器的運行，包括設置分析參數、啟動分析程序、數據記錄等功能。這一部分可能包括觸摸屏或者其他用戶界面。

計算機系統：用于數據處理、結果分析和輸出。通常包括預裝的分析軟件，可以根據需要生成報告或者導出數據。

試劑盒排放系統：用于安全處理使用過的試劑盒，避免交叉污染。